První písemná zmínka o obci je z roku 1360. Zakladateli Malont byli němečtí kolonisté, kteří byli povoláni od pánů z Michalovic z Horních Rakous do Čech, aby zde vymýtili lesy. Tito osídlenci založili v okolí obce dvě sklárny, měli i dva domy s právem vařit pivo. V roce 1387 přecházejí Malonty spolu s velešínským a benešovským panstvím na Petra II. Roku 1456 patřily Malonty Jakubu Czandlovi. 17.6.1483 zastavil Petr Vok z Rožmberka úroky ze vsi Malonty. Malonty v té době tvořili vlastní rychtu a patřily k nim i osady Meziříčí a Jaroměř. V roce 1611 přešly na pány ze Švamberka a po bitvě na Bílé hoře, v roce 1620, přecházejí Malonty do majetku hraběte Buquoye (panství novohradské). První písemná zpráva o zdejší škole je z roku 1686.¹

Nejstarší částí kostela je původní kaple svaté Kateřiny (dnes Barbory) pocházející pravděpodobně z  1. čtvrtiny 14. století. Ve 3. čtvrtině téhož století byl k jejímu jižnímu boku přiložen presbytář nového, podstatně většího kostela. Původní kaple pak sloužila jako sakristie. Loď nového kostela nebyla zřejmě původně zaklenutá. Koncem 15. století vzniklo z původní lodi dvojlodí, zaklenuté síťovou klenbou. Nejpozději tehdy byla poměrně štíhlá věž v ose západního průčelí opatřena mohutnými opěráky. Poslední úpravou kostela byla stavba nové sakristie v ose kostela v závěru roku 1887. Po roce 1945 došlo i v Malontech k vysídlení německých obyvatel. Obec se stala centrem zemědělské a lesnické činnosti v západní části Novohradských hor, která zůstala většinou nedosídlena. Tato skutečnost vedla k náhradě téměř celé původní zástavby panelovými domy horského typu. I původní pomník padlým z I. světové války byl zbaven německých nápisů a změněn v připomínku „odčinění Bílé hory“.²