První písemná zmínka o vesnici pochází z roku 1378. V letech 1378 až 1413 je zmiňován majitel zdejší tvrze Matěj či Mach z Holkova. Okolo roku 1475 tvrz násilně obsadil Jindřich Roubík z Hlavatec. V roce 1513 tvrz získal Jiří Kunáš z Machovic a jeho potomci ji drželi do roku 1640. V pozdější době tvrz zanikla. Dále se na holkovském statku vystřídalo několik majitelů. V roce 1757 holkovský dvůr koupil klášter Zlatá Koruna. Po zrušení kláštera Holkov připadl v roce 1787 k českokrumlovskému panství. Poblíž Holkova se nachází nejstarší železniční most v kontinentální Evropě – tři metry dlouhý kamenný obloukový most z roku 1828 koněspřežné dráhy. V Holkově se zachovala staniční budova koněspřežné dráhy s koňskou stájí a přepřahací stanicí.¹