Svou současnou podobu získal Boršov nad Vltavou v roce 1950, kdy se sloučila vesnice Boršov na západním břehu Vltavy s vesnicí Poříčí na východním břehu. Boršov patřil po většinu své historie církevní vrchnosti ve Vyšebrodském klášteře, Poříčí patřilo naopak pod světskou vrchnost sídlící na místním zámku. První písemná zmínka o Boršově pochází z roku 1261, kdy se jako svědek na listině jmenuje Albert z Boršova. Ten roku 1290 věnoval Boršov cisterciáckému klášteru ve Vyšším Brodě. Pravděpodobně právě v době před rokem 1290 existoval na strmém ostrohu nad řekou hrad Boršov, ze kterého se dochovaly už jen zbytky valů.

V létě 1422 vyplenili boršovský kostel husité pod vedením Chvala z Machovic. Roku 1351 přiznal Karel IV. Boršovu mílové právo. K roku 1453 se připomíná přívoz přes Vltavu mezi Boršovem a Poříčím. Tragicky se do dějin obce zapsala událost, k níž došlo za Stavovského povstání, tehdy o Božím těle 18. června 1620 vtrhli do zdejšího kostela uherští vojáci, pobili přítomné věřící i s farářem a kostel vyrabovali. V roce 1706 byla v Boršově poprvé zmíněna škola. Školní budova měla dvě místnosti, jedna byla bytem obecního učitele, druhá byla učebnou.

Od roku 1850 se Boršov stal samostatnou obcí, která postupně začala srůstat s obcí Poříčí na protějším břehu. Roku 1884 postavili bratři Vlastimil a Dobroslav Zátkové na protějším břehu největší továrnu na těstoviny v tehdejším Rakousko-Uhersku, tento velký potravinářský podnik zde působí dodnes. V devadesátých letech 19. století byla také přes Boršov položena železniční trať do Českého Krumlova s přemostěním Vltavy, silniční most mezi oběma obcemi přibyl v letech 1916 až 1917. V roce 1931 otevřela obec Boršov kamenolom pár set metrů jižně od vsi. Za První republiky byly také v Boršově vysazeny dva sady. Prvním byl nový třešňový sad jižně od kostela (v oblasti dnešní Třešňové ulice) vysazený v roce 1935. Byl pojmenován po tehdy nedávno zesnulém bývalém premiérovi Antonínu Švehlovi. Dva roky poté byl podél železnice vedoucí na Černý Dub vysazen druhý sad, tentokrát švestkový. Ten byl pojmenován Habrmanův sad na památku senátora a ministra Gustava Habrmana. Koncem války projížděly přes most v Boršově jednotky německé armády ve snaze vzdát se americkým vojskům, která operovala v okolí Křemže. V květnu 1945 vstoupily do Boršova jednotky americké armády.

V roce 1950 byl pro nově spojený Boršov s Poříčím úředně stanoven název Boršov nad Vltavou. O dva roky poté byl v Hubatkově vile zřízen dětský domov, který funguje dodnes. O šest let později, v roce 1975, byla dokončena stavba nové dominanty sjednocené obce - velkokapacitního sila poblíž nádraží. Dalším velkým zásahem do podoby obce byla nová rychlostní silnice (dnešní E55) dostavěná v roce 1980, která protnula Poříčí ve dví.¹