Nejstarší písemná zmínka o Záhoří se objevuje v roce 1575. O nejstarších dobách zdejších osad svědčí archeologické nálezy. Jedná se zejména o hroby prvních obyvatelů zdejšího kraje, které se vyskytují hlavně poblíž řek a mírných úbočí Píseckých hor včetně oblasti záhořské. Kmen, který osídlil kraj mezi Vltavou a Otavou, se nazýval kmen Netoliců (asi 5. století). V 10. století patřil Písek a jeho okolí k panství vévody Slavníka, avšak po vyhubení jeho rodu roku 996 připadly osady k panství knížat českých, jmenovitě k pánům ze Zvíkova. Podle zmínky z roku 1307 stával v Záhoří dvůr panský. Téhož roku přešlo spolu se Zvíkovem Zahoří do rukou Rožmberků. V době husitské zdejší krajina trpěla, protože tudy často přecházela vojska husitská i císařská. Zdejší lid byl husitský a fara měla husitského kněze. V roce 1472 byl hrad Zvíkov postoupen Bohuslavu ze Švamberka a s ním i Záhoří. Švamberkové byli, povětšinou nepřátelé husitů.¹