Soustavným studiem Písma a Husových a Viklefových spisů došel k poznání, že Bůh, který se sám zjevil v Ježíši Kristu, je jediným svrchovaným pánem, jemuž se musí křesťan plně odevzdat a poslouchat jeho přikázání bez polovičatosti. Křesťan musí být Božím bojovníkem v jiném smyslu, než jak tomu rozuměli husité, nikoli mečem, ale duchovním bojem. Nesmí odporovat zlu zlem. Vrcholem jeho boje je láska k nepříteli. Jeho učení vyplývalo z velké víry v moc Boží lásky. V Kristově jménu vystoupil důrazně proti feudalizmu.1 Stát pokládal za zlo, křesťanský stát je nemožný. Povstal velice proti zlým kněžím. Učil, že je lépe, nejsou-li dobří, být bez kněží. Chelčický zavrhuje i obchod, města pokládá za pelech všeho zla.2
Důležité a zejména pro dobu charakteristické je, že jako laik troufá si rozhodovat o věcech duchovních. Tím se ovšem naprosto postavil proti scholastikům. V učení o eucharistii, které tehdy stálo v popředí, zavrhuje transsubstanciaci, přece však věří, že Kristus je v eucharistii podstatně přítomen. Nepodařilo se mu však ukázat, jak si to lze představit.3
Jakýkoliv ozbrojený boj považoval nejen za neúčinný, ale i za těžký hřích vedoucí člověka k těžkému zatracení. Učil, že krutosti plodí další krutosti, že válečný konflikt „požírá“ jak poražené, tak vítěze.4
V díle O boji duchovním působil na své současníky i na následující generace v duchu středověkých rozprav hlásajících v bezvýchodné situaci naprostý odklon od pozemského života, včetně těch nejintimnějších svazků. Byl „hluboce zděšen, vnitřně zasažen“ všeobecným barbarstvím své doby. Nerozlišoval mezi hrůznými činy křižáků a krutostmi božích bojovníků a táborských fanatiků. Východiskem se mu stalo pohroužení do vlastního nitra a pokorné naslouchání slova Božího.5
Oficiální názor církve, podle něhož tvoří základ křesťanské obce prostá příslušnost k jednomu ze tří stavů vytvářejících strukturu tehdejší společnosti (duchovní a světské pány a dělný lid), Chelčický odmítl. Příslušnost neopravňuje nikoho k účasti ve sboru vyvolených ke spáse. O tom, kdo do církve opravdu náleží, rozhodují poctivá víra a skutky věřícího. V církvi nemá žádné místo donucovací moc, žádný druh násilí. Kněží a světští páni nemají právo nutit poddané, aby pro ně pracovali. Všichni věřící křesťané jsou povinni opatřovat si prostředky k životu vlastní prací.6
V pojednání O trojím lidu kritizuje středověké křesťanské učení o rozdělení společnosti. Překročil nejen nauku římské církve, ale i názory husitských mistrů, včetně Husa, který koncepci trojího lidu ještě akceptoval. „Ostří Chelčického argumentace neunikla žádná vrstva tehdejší společnosti, dokonce ani husitská šlechta. Upozorňoval na skutečnost, že sice hájí mečem Boží zákon, bojuje proti Římu, ale na straně druhé i ona nepřestává vysávat a utiskovat poddaný lid, jenž ji živí prací svých rukou. Častoval nevybíravými slovy také měšťany, odsuzoval zvláště vykořisťovatelskou praxi kupců a obchodníků na Táboře i v dalších centrech husitské revoluce, která si podle jeho názoru nijak nezadala s kořistěním šlechty a klášterů.“7
Chelčický podal ucelenou kritickou analýzu všech složek privilegovaných vrstev středověké společnosti. Jeho srdce bylo na straně prostého venkovského člověka. Neustálou konfrontací stávajících poměrů s životem prvotních křesťanů, zaútočil jako nikdo jiný v jeho době na samotnou podstatu hierarchizovaných struktur společenského systému, otřásl středověkým morálním kodexem, tvůrčím způsobem rozvinul a překonal myšlenkový horizont svých předchůdců.8
Ve vrcholné Chelčického práci Síť víry pravé vyjadřuje svůj názor na to, jak by měla vypadat skutečná křesťanská společnost vybudovaná na zásadách evangelia. Ústředními pojítky lidí v ní mají být láska, rovnost, bratrství. Přes hlubokou skepsi a bolestnou rezignaci Chelčický nepřestal precizovat své představy o společenství pracujících lidí. V atmosféře dějinného soumraku uchoval poselství hluboké humanity, které obsahovala česká reformační tradice, pro následující pokolení.9
