Nachází se na severu Novohradského podhůří v nadmořské výšce 614 m na temeni kopce Stráž (vrchol 631 m n. m. je severovýchodně od centra obce). Svatý Jan je nejvýše položenou obcí v okrese České Budějovice.

Až do počátku 18. století se v místech nynější vsi Svatý Jan prostíralo jen pusté návrší, zvané Ločenická hora. Roku 1732 se zde údajně velešínskému faráři Riezenschopferovi zjevilo pět zářících hvězd, což dotyčný pokládal za znamení sv. Jana Nepomuckého a nechal na místě postavit kapli, věnovanou tomuto světci. Kaple byla vysvěcena roku 1735 a postupem času se stala oblíbeným poutním místem, kolem něhož se začali usazovat obyvatelé. Na přelomu 70. a 80. let byla kaple přestavěna na kostel s ambity, v letech 1787 až 1789 přibyla škola a fara. V polovině 19. století čítala ves kolem 70 domů a 500 obyvatel české národnosti.

Poutní kostel sv. Jana Nepomuckého je jednolodní barokní stavba s trojboce zakončeným presbytářem, hranolovou věží v západním průčelí a sakristií v ose kostela na východním konci.¹